La posa della prima pietra di suddetta chiesa, voluta dai Gerolamini, è databile 1522 da parte del Vescovo Zane.

La chiesa venne intitolata a Santa Maria delle Grazie.

La consacrazione risale al 23 Febbraio 1539 ad opera del Suffraganeo Girolamo Vascherio da Carpi.

Alla soppressione dei Gerolamini del 1668 tutto il complesso passò ai Gesuiti che lo gestirono fino al 1773, quando anche quest’ordine venne sciolto.

Successivamente Chiesa e Santuario furono retti dal clero diocesano, poi dai Padri Oblati e in ultima istanza da preti diocesani.

Non va dimenticato che il 17 Marzo 1961 la Chiesa Grande venne elevata al rango di Basilica Romana Minore da Papa Giovanni XXIII