La prima particolarità che si può notare in Basilica o Chiesa Grande è la presenza nell'altare dedicato a san Girolamo (Primo entrando nella navata sinistra) della reliquia di San Paolo VI.

Questa reliquia è la malietta che il papa indossava durante l'attentato subito a Manila il 27 novembre 1970.

“Mentre salutava le autorità, i cardinali e i vescovi”, ha scritto il suo segretario, “il Papa venne aggredito da un pittore boliviano, Benjamin Mendoza y Amor, di trentacinque anni, vestito da sacerdote, che in mano teneva un crocifisso dorato e nell’altra, nascosto da un panno, un kriss (pugnale malese a lama serpeggiante). Con un colpo ferì il Papa al collo, fortunatamente protetto dal colletto rigido, e con un altro al petto vicino al cuore”.

“Subito medicato dalla premura del bravo e sempre pronto Professore Mario Fontana”, continua Paolo VI, “le due ferite furono tamponate e medicate nei giorni successivi, e ben presto guarite… Piccola avventura di viaggio, un po’ di rumore nel mondo (seppi che in Italia, all’arrivo della notizia, il Parlamento sospese la seduta) e grande riconoscenza a quanti si interessarono a me; ma soprattutto grazie al Signore che mi volle salvo e mi concesse di proseguire il viaggio”.

Altra particolarità all'interno della Basilica è composto da 24 affreschi, nella navata centrale, che cantano alcune litanie Mariane. Viene proposto un percorso di approfondimento e di preghiera.

Chi volesse può trovare alcune preghiere che chiede l'intercessione di alcuni santi raffigurati negli altari laterali o nelle cupole.